เรื่องราวต่อเนื่องจากภาคที่แล้ว กับการเดินทางของพี่น้อง ทาคาคุระ คันบะ และ โชวมะ ที่ยังคงไล่ตาม "เพนกวินดรัม" ต่อไปเพื่อโชคชะตาและคนที่พวกเขารัก ตามคำสั่งของหมวกรูปเพนกวินลึกลับ ผ่านไป 10 ปีแล้วตั้งแต่ที่ คันบะ และ โชวมะ ได้ขึ้นรถไฟเพื่อเปลี่ยนชะตากรรม พวกเขาได้กลับมาชั่วขณะหนึ่ง… ในห้องสมุดลึกลับที่เต็มไปด้วยชั้นหนังสือขนาดใหญ่ตามคำบอกของลูกเพนกวิน ทั้งคู่พบกับเด็กผู้หญิงสวมหมวกเพนกวินลึกลับ ที่มาเพื่อมอบหมายภารกิจสำคัญ ในการค้นหาบางสิ่งและกอบกู้โลกนี้ เรื่องราวการเดินทางเพื่อคนที่พวกเขารักจะจบลงอย่างไรกันนะ…