เรื่องราวของ นีโอ ชายหนุ่มธรรมดาที่ใช้ชีวิตง่าย ๆ ไปวัน ๆ กระทั่งเขาได้พบบุรุษลึกลับที่บอกว่า เขาคือคนเดียวที่จะปกป้องโลกจากสงครามจักรกล ผลผลิตจากมันสมองมนุษย์ที่ย้อนกลับมาทำลายผู้เป็นนาย ชายลึกลับฝึกให้นีโอเป็นนักรบไซเบอร์ ป้อนข้อมูลเข้าสู่สมองให้เขา ทั้งความรู้วิทยาการและศิลปะการต่อสู้ เพื่อจะได้ต่อกรกับ เดอะ เมทริกซ์ ศูนย์รวมพลังงานแห่งโลกใหม่ โลกทั้งโลกจึงฝากไว้กับนีโอแต่เพียงผู้เดียว