ในอนาคตอันใกล้ มนุษย์ต้องเผชิญการรุกรานจากเอเลี่ยนเผ่า Xiliens ที่ปลดปล่อยเหล่าสัตว์ประหลาดทั่วโลกเพื่อครอบครองโลกมนุษย์ มหันตภัยครั้งนี้ทำให้เหล่านักรบ M-Base และกองกำลัง Earth Defense Force ต้องปลุกพลังที่แท้จริงขึ้นมาอีกครั้ง ด้วยการคืนชีพ Godzilla เพื่อให้เผชิญหน้ากับไคจูทั้งหมด และต่อสู้กับศัตรูตัวฉกาจที่สุดอย่าง Monster X (Keizer Ghidorah)