ในปี ค.ศ. 1999 มนุษย์สามารถรวบรวมเหล่าสัตว์ประหลาดไคจูทั้งหมดไปกักกันไว้บนเกาะพิเศษที่ชื่อว่า “Monsterland” ได้สำเร็จ แต่ไม่นานพวกมันกลับถูกควบคุมโดยเอเลี่ยนเผ่า คิละก์ (Kilaaks) ที่บังคับให้สัตว์ประหลาดบุกโจมตีเมืองต่าง ๆ ทั่วโลก มนุษย์จึงต้องหาทางตัดการควบคุม และปลดปล่อยเหล่าไคจู เพื่อหันมาต่อสู้กับศัตรูตัวจริง และจัดการกับ King Ghidorah ศัตรูอันร้ายกาจ