หลังจากพายุไต้ฝุ่นครั้งใหญ่ ซากไข่ยักษ์ปริศนาถูกซัดเข้ามายังชายฝั่งญี่ปุ่น และถูกบริษัทเอกชนเข้ามายึดไปหาผลประโยชน์ ไม่นานก็อดซิลลาก็ปรากฏตัวขึ้นและเริ่มอาละวาด เมืองจึงตกอยู่ในหายนะครั้งใหญ่ ทว่า “ชาวเกาะ Infant Island” และสองสาวแฝด (Shobijin) ได้ออกมาเรียกร้องให้คืนไข่ เพราะนั่นคือไข่ของ Mothra เทพีผู้พิทักษ์ของพวกเขา ในที่สุด Mothra ต้องออกโรงต่อสู้กับ Godzilla เพื่อปกป้องลูก ๆ ของตนเองและมนุษยชาติ