กลุ่มนักเดินทางข้ามเวลาจากอนาคตปรากฏตัวในญี่ปุ่น พวกเขาอ้างว่าก็อดซิลลาในอนาคตจะทำลายล้างประเทศญี่ปุ่นจนย่อยยับ จึงเสนอแผนย้อนเวลากลับไปลบต้นกำเนิดของก็อดซิลลา แต่แท้จริงแล้วพวกเขามีแผนร้ายแอบแฝง โดยสร้างสัตว์ประหลาดร้าย King Ghidorah ขึ้นมาแทน เพื่อใช้โจมตีญี่ปุ่นในยุคปัจจุบัน เมื่อแผนการถูกเปิดโปง ก็อดซิลลาจึงกลับมามีชีวิตอีกครั้ง และนำไปสู่การต่อสู้ครั้งยิ่งใหญ่ระหว่าง Godzilla กับ King Ghidorah เพื่อชะตากรรมของอนาคตโลก